Ilgen entstammte einer lutherischen Ratsfamilie. Er studierte Rechts- und Staatswissenschaft und unternahm mehrmals längere Bildungsreisen durch Europa. 1672 war er in Minden bei der Regierung Brandenburgs angestellt und kam 1678 nach Berlin, wo er am Hof des Großen Kurfürsten diente. Dieser beförderte Ilgen 1683 zum Geheimen Kammersekretär. Er behielt diese Funktion und seinen Einfluß auch unter dessen Nachfolger, von dem er 1699 zum Geheimen Rat ernannt wurde. In Wien führte Ilgen die Verhandlungen über die künftige Königswürde für Friedrich III., der dann 1701 als Friedrich I. König in Preußen wurde. Seit 1701 war Ilgen Mitglied des Staatsrates. Aufgrund der erfolgreichen Verhandlungen mit den Habsburgern erhielt die Familie den preußischen Adelstitel. Im Jahre 1706 wurde Ilgen zum Regierungspräsidenten in Minden ernannt. 1711, nach dem Sturz seines Rivalen Kolbe von Wartenberg, nahm Ilgens Einfluß auf die auswärtige preußische Politik erheblich zu. Als erster preußischer Außenminister half er die Stellung des Königreiches zu sichern und engagierte sich für die Reform des preußischen Justizwesens. Er war seit 1719 bis zu seinem Tode der Besitzer des Gutes Britz.