Knaack entstammte einer Arbeiterfamilie. 1928 schloß er sich dem Kommunistischen Jugendverband Deutschlands an. Er übte die Funktion des Leiters für Agitation und Propaganda im Bezirk Prenzlauer Berg aus. Ab 1933 kämpfte er illegal gegen die NS-Herrschaft. Im Jahre 1935 wurde er zum erstenmal verhaftet und am 2.10.1936 vom Kammergericht Berlin zu zwei Jahren Zuchthaus verurteilt. Nach der Entlassung aus der Haft schloß sich Knaack der illegalen Organisation um Robert Uhrig an. Am 26.3.1942 verhaftete die Gestapo ihn erneut und überführte ihn in das KZ Sachsenhausen, wo er bis zu seinem Prozeß verblieb. Am 6.7.1944 fällte der "Volksgerichtshof" das Todesurteil über ihn und sechs weitere Antifaschisten. Ernst Knaack wohnte bis 1942 in der Kastanienallee 16/17. An diesem Haus ist eine Gedenktafel angebracht.