Der Bauersee in Müggelheim ist der Überrest eines Nebenarmes der Spree, der in Höhe der Siedlung Spreewiesen aus dem Spreelauf abzweigte und östlich des Kleinen Müggelsees über das Rinnsal Parine wieder in den Fluss zurückführt. Die vom Bauersee und von der Spree umflossene „Insel am Bauersee“ ist zufolge der Teilverlandung keine Insel mehr. Der Bauersee ist umgeben von sumpfigen Gelände, Feuchtwiesen und Laubwald.