Die Tochter des jüdischen Verlagsbuchhändlers W. J. Peiser, der um 1859 in der Friedrichstraße 142 sein Geschäft hatte, ging nach London, um eine solide Ausbildung zu erhalten. Mit ihren in englischen Bibliotheken gesammelten Erfahrungen ausgerüstet, übernahm sie 1895 die erste öffentliche Lesehalle in Berlin, Alte Schönhauser Straße 13 (Mitte), die von der Deutschen Gesellschaft für Ethische Kultur eingerichtet worden war. Bona Peiser gilt als erste Bibliothekarin Deutschlands. Ab 1908 arbeitete sie in der Rungestraße (Mitte) und befasste sich ab 1913 insbesondere mit dem Aufbau einer Kinderbibliothek. Nebenamtlich leitete sie die Bücherei des Kaufmännischen Verbandes für weibliche Angestellte in der Alten Jakobstraße 20/21. Ihr Wirken galt der Entwicklung der Berliner Büchereien und trug zur Gleichstellung der Frau im Beruf bei. Bona Peiser ist auf dem Friedhof der Jüdischen Gemeinde in Weißensee beigesetzt. Die Bona-Peiser-Bibliothek trägt ihren Namen, und in der Rungestraße 25/26 erinnert eine Gedenktafel an ihr Wirken.