Müller hatte lange Zeit in kaiserlichen Diensten gestanden und in Frankreich gekämpft. 1524, zu Beginn der Bauernerhebungen, war er in Bulgenbach, Landgrafschaft Stühlingen, ansässig. Die Stühlinger und Hegauer Bauern wählten den kriegserfahrenen Mann im Juni 1524 zu ihrem Hauptmann. Im Oktober desselben Jahres zog er mit seinem Haufen durch den Schwarzwald, warb um weiteren Anhang und knüpfte Verbindungen nach Waldshut. Müller nahm am 14.12.1524 an der Schlacht bei Donaueschingen teil, in der das Heer der Brigtaler Bauern zersprengt wurde. Mit seinem radikalen „Artikelbrief" rief er im April 1525 zum zweiten Aufstand im Schwarzwald auf. Nachdem vereint kämpfende Bauern am 23.5.1525 Freiburg (Breisgau) eroberte hatten, scheiterten sie an der Einnahme von Vallingen und Radolfzell. Müller floh am 1.7.1525 und versteckte sich anfangs auf dem Hohentwiel. Später wurde er in Laufenburg verhaftet und verhört. Nach Haft und Folter wurde er enthauptet. Er gilt als einer der bedeutendsten Bauernführer.