Er sollte dem Wunsch seiner Eltern nach Theologe werden. Mit elf Jahren erhielt er bereits ein Stipendium in Paris. Danach studierte er ab 1528/29 Rechtswissenschaft in Orléans und später in Bourges. Der Tod seines Vaters zwang ihn kurzzeitig zur Rückkehr in seine Heimatstadt, doch bereits 1532 fuhr er wieder nach Paris. Bald wurde er als Anhänger der „neuen Lehre“ verdächtigt und musste fortan ein unstetes Leben führen. Da er konsequent für die Reformation eintrat, war er gezwungen, aus Paris zu fliehen. Einige Zeit hielt sich Calvin am Hof der Königin Margarethe von Navarra (1492–1549) auf, die den Protestanten Zuflucht gewährte. Im Frühjahr 1534 wurde er aus Glaubensgründen in Frankreich inhaftiert, es gelang ihm jedoch, freizukommen. Ab Anfang 1535 war Calvin in Basel, wo er sein 1536 veröffentlichtes Hauptwerk, die "Institutio religionis christianae" (Unterricht in der christlichen Religion) vollendete, das er König Franz I. von Frankreich (1494–1547) widmete. Nach mehreren Stationen, wie Basel, Straßburg, Frankfurt, Paris und Genf, wo er unermüdlich für die Reformation focht, wurde Calvin 1541 endgültig in Genf sesshaft. Dort begründete er im Juni 1559 die Genfer Akademie mit, die kurz nach seinem Tod zur Universität Genf erweitert wurde. Mit Luther und Zwingli war er einer der bedeutendsten Reformatoren des 16. Jahrhunderts.