Ein begonnenes Jurastudium mußte er wegen einer Rückenmarks-Krankheit abbrechen. Danach wurde er von den Ägyptologen Richard Lepsius und Heinrich Brugsch ausgebildet. 1862 promovierte er mit einer Arbeit über Memnon und die Memnonsage; 1865 habilitierte er sich über die sechsundzwanzigste Pharaonendynastie. 1869 wurde Ebers außerordentlicher Professor in Jena und 1870 in Leipzig, er war dann Mitglied der sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften und der Akademie der Wissenschaften in München. 1889 mußte er seine Lehrtätigkeit aufgeben und lebte seither in München und Tutzing. Ebers schrieb zahlreiche, zunächst meist archäologische und ägyptische Themen behandelnde Romane, 1864 erschien "Eine ägyptische Königstocher", 1876 "Uarda" und 1877 "Homo sum". Nach 1880 behandeln seine Romane vor allem Themen aus dem Mittelalter.