1193 wurde dem Kloster Dargun eine Salzpfannenstelle geschenkt. Zu dieser Stelle flohen 1199 Mönche aus Dänemark. Fürst Jaromar I. von Rügen und der Bischof von Cammin halfen den Mönchen. Der Papst bestätigte 1204 dem neuen Kloster seinen Besitz. In jenem Jahr wurde das Zisterzienserkloster erstmals erwähnt. Fünf Jahre später erhielt es das Recht, Dänen, Deutsche und Wenden auf seinem Land anzusiedeln. 1249 gründete Fürst Wratislaw III. von Demmin die Stadt Greifswald. Im Jahre 1378 erschien erstmals der Name "Kloste tho der Eldena". Die Mönche waren 1456 maßgeblich an der Gründung der Greifswalder Universität beteiligt. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die säkularisierte Klosteranlage von den Schweden geplündert. Sie nutzten die Gebäude auch als Steinbruch, um die Befestigungsanlagen von Greifswald und Stralsund auszubauen. In der Zeit der Romantik schuf Caspar David Friedrich mehrere Gemälde der Klosterruine. Die Gemeinde Eldena gehörte einst zum Regierungsbezirk Stettin (Pommern).