Fanninger, vermutlich Sohn eines Chirurgen, nahm an den Befreiungskriegen teil. Er wurde später Mitarbeiter des Preußischen Kriegsministeriums, wo er es 1854 zum Geheimen Rechnungsrat brachte. 1818/19 arbeitete er dort in der Abteilung für Bekleidungsangelegenheiten der Armee. Der "Adreß-Kalender für die Königlichen Haupt- und Residenz-Städte Berlin und Potsdam auf das Jahr 1826" wies den Kriegsrat Fanninger, wohnhaft in Lichtenberg bei Berlin, als Mitarbeiter des Kriegsministeriums, Abteilung "Expedition, Kontrolle, Registratur und Journal" aus. Ab 1845 wirkte er in der Abteilung des Militär-Ökonomie-Departements. Nach seiner Heirat wurde Fanninger um 1821 Gutsbesitzer von Lichtenberg. Später, 1848, war er zugleich Eigentümer einer Wachstuchfabrik. Die Familie Fanninger gehörte ab spätestens 1836 zu den wohlhabenden Familien in Lichtenberg. Carl Wilhelm Fanninger wurde 1852 in den Ruhestand versetzt.