Er erwarb am 7.6.1911 die Flugzeugführererlaubnis Nr. 88 des Deutschen Luftfahrer-Verbandes. 1912 gründete er in Johannisthal die A.H.G. Fokker Aeroplanbau, die er 1913/14 nach Schwerin verlegte. Dort produzierte er einen Eindecker, der anfangs seiner Kunstflugeigenschaften wegen Berühmtheit erlangte. Dann wurde die Maschine zu militärischen Zwecken genutzt. In Schwerin wurden während des Ersten Weltkrieges einsitzige Jagdflugzeuge hergestellt. Um 1915 wurde Fokker Inhaber der Reinickendorfer „Flugzeugwaffen-Fabrik Anthony Fokker“, die Flugzeuge mit Maschinengewehren ausrüstete. Ihm wird die Erfindung des Synchronisators zugeschrieben, der es ermöglichte, mit dem in der Längsachse des Flugzeugs eingebauten Maschinengewehr durch den Propellerkreis zu schießen. Im September 1917 schloß Fokker mit Hugo Junkers (1859–1935) einen Vertrag über die Gründung einer Aktiengesellschaft zum Bau von Flugzeugen. Die „Junkers-Fokker-Werke A.G.“ wurde am 20.10.1917 ins Leben gerufen, bestand jedoch nur bis 3.12.1918. Fokker verlegte das Flugzeugwerk unter dem Namen „Nederlandsche Vliegtuigfabrieken“ nach Amsterdam. 1922 ging er in die USA und wurde dort Inhaber der „Aircraft Corporation of America“. 1931 erschien seine Autobiographie „The flying Dutchman“. Das Königlich Holländische Institut ernannte ihn zum Ehreningenieur. Fokker nahm die Staatsbürgerschaft der USA an.