Der Sohn Joachims I. wurde 1535 Kurfürst. Politisch nahm er Kurs auf ein festes Bündnis mit den Habsburgern. 1535 heiratete er Hedwig, die Tochter des Königs Sigismund von Polen. Durch Erbverträge 1537 begründete er Brandenburger Ansprüche auf Schlesien. Im November 1539 trat er zur Reformation über und zog die Klostergüter ein. Brandenburg wurde lutherisch, allerdings erfolgte die endgültige Abkehr von der römisch-katholischen Kirche erst 1563. Joachim II. trug maßgeblich zum Abschluß des Augsburger Religionsfriedens 1555 bei. Während seiner Regentschaft begann im Jahre 1557 der Bau der Zitadelle Spandau. Sein Hofrat und späterer Kanzler Lamprecht Diestelmeyer erreichte, daß die brandenburgischen Hohenzollern 1569 durch den polnischen König mit dem Herzogtum Preußen mitbelehnt wurden. Mit dieser Belehnung war die Grundlage für die Bildung des brandenburgisch-preußischen Staates gelegt worden. Kurz nach Beginn seiner Regierungszeit fand der erste größere Um- und Erweiterungsbau des Berliner Stadtschlosses statt.