Der Sohn eines Justizrates besuchte das Gymnasium in Oldenburg und begann 1794 ein Studium der Philosophie an der Universität Jena. Dort setzte er sich vor allem mit Fichtes Auffassungen auseinander. Er war 1797-1800 Hauslehrer in der Schweiz, wo er seine pädagogischen Prinzipien entwarf und publizierte. 1802 habilitierte er sich an der Universität Göttingen; 1805 erhielt er dort eine Professur. 1808 wurde er auf den Lehrstuhl Kants in Königsberg berufen und wirkte dort innerhalb der Reformbewegung Preußens für die Ideen einer Nationalerziehung. In seiner Königsberger Zeit publizierte er mehrere Schriften, u. a. seine "Metaphysik" (1829). Ab 1833 lehrte Herbart erneut in Göttingen. Durch seine systematische Erziehungs- und Unterrichtstheorie, die den Weg der Erziehung an der Psychologie und ihr Ziel an der Ethik orientierte, wurde er zu einem der Begründer einer wissenschaftlichen Pädagogik.