Er wurde 1571 Kurfürst. Durch den fast gleichzeitigen Tod seines Vaters, des Kurfürsten Joachim II., und dessen Bruder, Markgraf Johann von Brandenburg-Küstrin, konnte er Kurmark und Neumark wieder vereinigen. 1545 heiratete er Sophie, die Tochter des schlesischen Herzogs Friedrich II. von Liegnitz, Brieg und Wohlau. Seit 1552 verwaltete er die Bistümer Havelberg, Lebus und seit 1560 auch Brandenburg. Er galt als sittenstrenger, sparsamer und pflichtbewußter Landesherr. 1572 wies er die Juden aus der Mark Brandenburg aus. 1573 ließ er in Berlin den Lustgarten anlegen, 1574 gründete er das Berlinische Gymnasium zum Grauen Kloster, die älteste gelehrte Schule der Stadt. Durch die Vermählung seines Enkels und späteren Kurfürsten Johann Sigismund mit der ältesten Tochter des Herzogs von Preußen 1594 gewann Brandenburg neue Ansprüche auf Preußen und Kleve. Johann Georg wurde in der Domgruft beigesetzt.