Lynar entstammte einem florentinischen Adelsgeschlecht, das sich nach dem um 1360 zerstörten Kastell Linari nannte. Er kämpfte gemeinsam mit seinem Vater in Diensten Karls V. Später war er im Hofdienst bei Alessandro de Medici, wo er auch seine Erziehung erhielt. 1542 mußte Lynar aus Italien nach Frankreich fliehen und diente dort Franz I. Lynar wurde zum Erzieher des Dauphin Heinrich, später Heinrich II., ernannt und war zugleich Kriegsingenieur. Er trat 1560 zum Kalvinismus über und führte 1567 den Hugenottenaufstand in Metz an, wo er Festungskommandant war. 1570 war Lynar Artilleriemeister und Kommandant aller kursächsischen Festungen. 1578 kam er zu Kurfürst Johann Georg von Brandenburg; dort trug er den Titel Sr. Kurfürstlichen Gnaden bestallter General-Obrister Artollerey Munition Zeug- und Baumeister. Er war vorrangig mit konstruktiven Festungsbauten befaßt. Sein Hauptwerk wurde die Spandauer Zitadelle. Auf ihn gehen auch die Festungsanlagen von Kassel, Küstrin und Peitz zurück. Lynar war ebenfalls beteiligt am Bau bzw. Umbau der Schlösser im Grunewald, in Oranienburg, Heidelberg und Dessau. Er legte auch Salz- und Eisenwerke an und verbesserte die Pulverfabriken in der Mark. Bis zum Jahre 1581 bewohnte er in Berlin das Haus Molkenmarkt 1–3, danach siedelte er nach Spandau über. Ab 1593 war er dort Kommandant. Er ist in der Spandauer Nikolaikirche unter dem Altar beigesetzt, den er im Jahre 1581 gestiftet hatte.