Er studierte in Wien, war Violinist im Wiener Hoforchester und kam 1878 als Kapellmeister an das Leipziger Stadttheater. 1889-1893 dirigierte er Sinfoniekonzerte in Boston, war ab 1893 Kapellmeister und Operndirektor in Budapest und kehrte 1895 als Gewandhauskapellmeister nach Leipzig zurück. Im gleichen Jahr übernahm er die Leitung der Abonnementskonzerte der Berliner Philharmonie. Zahlreiche Gastspiele führten ihn durch Europa und nach Amerika. In Leipzig leitete er die Dirigentenklasse am Konservatorium. 1918 begründete Nikisch die Tradition der Silvesteraufführungen der IX. Sinfonie von Ludwig van Beethoven.