Die Pfarrkirche St. Nikolai im Zentrum des Nikolaiviertels am Molkenmarkt ist das älteste erhaltene Bauwerk Berlins. Sie ist heute eine Zweigstelle des Stadtmuseums Berlin mit einer ständigen Ausstellung zur Geschichte Berlins im Mittelalter unter Einbeziehung von restaurierten Kunstgegenständen, die sich hier früher befanden und die die Kriegsereignisse überdauert haben. Die Nikolaikirche hatte mindestens zwei Vorgängerbauten. Die erste, eine um 1230 entstandene, 40 Meter lange, dreischiffige, spätromanische Feldsteinbasilika mit Querschiff und drei Ostapsiden wurde bald nach ihrer Fertigstellung in eine frühgotische Hallenkirche umgebaut. Von dieser Kirche ist der aus behauenen Granitquadern bestehende Sockelbau der Westtürme mit seinem niedrigen Spitzbogenportal und zwei Rundfenstern erhalten geblieben. 1379 wurde mit der Vergrößerung der Kirche begonnen. Bei dem verheerenden Stadtbrand am 11. August 1380 wurde die Kirche zerstört. Der Wieder- bzw. Neuaufbau dauerte bis 1470. Es entstand eine dreischiffige, spätgotische Hallenkirche mit Umgangschor und geschlossenem Kapellenkranz in Backstein von etwa 60 Metern Länge und 23 Metern Breite. An der Südwestseite der Kirche wurde 1452 die zweigeschossige Liebfrauenkapelle mit einem Staffelgiebel angebaut. Von den beiden vorgesehenen Türmen entstand in gotischer Zeit nur der südliche mit einem Turmschiff aus Backstein und spitzem Helm über dem Feldsteinunterbau. Er wurde 1878 ebenso wie das flache Satteldach durch ein neogotisches Turmpaar mit spitzen Turmhelmen nach einem Entwurf von Stadtbaurat Hermann Blankenstein ersetzt. Im Zweiten Weltkrieg wurde die Kirche schwer zerstört und von 1981 bis 1987 wieder aufgebaut.