Scherin erlernte ab 1841 in der Appeliusschen Apotheke in der Roßstraße den Beruf des Apothekers. Nach Praktika in verschiedenen Apotheken Berlins und anderen Städten, begann er 1848 in Berlin ein Pharmaziestudium, das er als Apotheker I. Klasse abschloß. Eine revolutionäre Forderung von 1848 „Gewerbefreiheit für die Apotheken!“ lehnte er mit der Begründung ab: „Welch ein Unsinn, der Apotheker wird Krämer, der Patient Ausbeutungsobjekt, und die Wissenschaft geht vor die Hunde!“ 1851 erwarb Schering die Schmeissersche Apotheke in der Chausseestraße 21, die er bald darauf Grüne Apotheke nannte. Dort wohnte er auch einige Zeit mit seiner Familie. In dem zur Apotheke gehörenden Laboratorium stellte er „reine Präparate“ her, für die er auf der Pariser Weltausstellung 1855 eine Silbermedaille errang. Schering hatte auch die Häuser Chausseestraße 8–10 erworben, und er begann mit der Umwandlung des Labors in eine chemische Produktionsstätte. Am 21.9.1864 erhielt er die Konzession für seinen Betrieb vom preußischen Staat. Im selben Jahr begann seine chemische Fabrik in der Müllerstraße in Wedding mit der Produktion, die er 1871 in die „Chemische Fabrik auf Actien (vorm. E. Schering)“ umwandelte. Anfangs widmete sich Schering vor allem der Produktion von Hilfsmitteln für die Fotografie. 1868 war er einer der Begründer der Deutschen Chemischen Gesellschaft. Ab 1870/71 war Schering Heereslieferant von Arzneimitteln. Für seine pharmazeutischen Qualitätspräparate erhielt er Titel und Orden. Als Direktor leitete er noch vor Ort an den Kesseln und Schalen seine Mitarbeiter an. 1882 schied Ernst Schering aus gesundheitlichen Gründen aus dem Betrieb aus. Sein Grab befindet sich in Berlin-Kreuzberg, Begräbnisplatz der Jerusalems- und Neuen Kirche am Mehringdamm (ehemals Belle-Alliance-Straße). Grabinschrift: „Das Beste sucht im Können und im Wollen, dann muß Euch jeder Dank und Ehre zollen“.