Er war ab 1691 Hofbildhauer in Wilanow bei Warschau, wurde 1694 an die geplante und 1696 gegründete Akademie der Künste in Berlin berufen und war 1702-1704 deren Direktor. 1696 schuf er das Reiterstandbild des Großen Kurfürsten und die Reliefs und Schlußsteine am Berliner Zeughaus. 1699 wurde er Schloßbaudirektor, 1700-1704 Oberbaudirektor. 1706 als Schloßbaudirektor abgelöst, weil der von ihm errichtete Münzturm eingestürzt war, betätigte er sich bis 1713 als Hofbildhauer und selbständiger Architekt. 1713 ging er auf Einladung Zar Peters I. als Baudirektor nach Petersburg, wo er auch eine Lehrtätigkeit an der Akademie der Künste übernahm. Schlüter, der über keine gründliche Bauausbildung verfügte, gilt als Hauptmeister des brandenburgischen Barock. Er schuf in der Residenzstadt Berlin Architektur von hohem künstlerischem Rang. Schlüter repräsentiert mit großem Pathos den absolutistischen Herrscher. Diese Idee bestimmte auch die Umbaupläne für das Berliner Schloß. Sie stellt eine eigenwillige erste Auseinandersetzung mit dem italienischen Barock dar und ist die Grundlage der deutschen Hochbarockarchitektur. Auch die bleigegossenen Prunksärge Königin Sophie Charlottes und König Friedrich I., beide im Berliner Dom, legen dafür Zeugnis ab.