Der Kaufmannssohn studierte in Kiel Jura. Nach Abschluß des Studiums ging er nach Berlin, setzte bei Leopold von Ranke und Friedrich Carl von Savigny seine Studien fort und promovierte 1836. 1842 erhielt Waitz eine Professur in Kiel, ab 1849 in Göttingen und ab 1875 in Berlin. 1848/1849 gehörte er als Konservativer der Frankfurter Nationalversammlung an. Er trat für Föderalismus und gegen eine Hegemonie Preußens auf. In Berlin leitete er bis 1886 die Edition der deutschen Mittelalterurkunden "Monumenta Germaniae Historica". Seine Hauptwerke sind die "Deutsche Verfassungsgeschichte" (8 Bände, 1844-1878) und - zusammen mit Dahlmann - die "Quellenkunde zur Deutschen Geschichte". Sein Ehrengrab befindet sich auf dem Evangelischen Alten St.-Matthäus-Kirchhof in Schöneberg.