Der Vater Johann Heinrich Weydingers war Zeugfabrikant. Die Familie wohnte 1799)in Kreuzberg, Rondell 19 (heute Mehringplatz), wo der älteste Sohn Heinrich noch 1912 als Hauseigentümer verzeichnet war. Er übernahm vom Vater die Leinen- und Wollzeugwarenfabrik und erwarb sich durch Stiftungen um die Stadt Berlin Verdienste. Er stiftete u. a. ein Altersheim in der Großen Frankfurter Straße (heute Karl-Marx-Allee) 23. Sein Wohnhaus in der Unterwasserstraße 5 in Mitte war von Karl Friedrich Schinkel ausgebaut worden. Weydingers Grab befindet sich am Blücherplatz in Kreuzberg, wo sich die Begräbnisplätze der Jerusalems- und Neuen Kirchengemeinde sowie weiterer Gemeinden befinden.