Windthorst studierte 1831-1834 Rechtswissenschaften in Göttingen und Heidelberg. Danach war er ab 1836 als Anwalt in Osnabrück tätig. 1849 hat man ihn als Rat ans Oberappelationsgericht in Celle berufen, und im selben Jahr wurde Windthorst in die Zweite Kammer des Hannoveranischen Landtags gewählt. In den Jahren 1851-1853 und erneut 1862-1865 war er Justizminister in Hannover und damit der erste katholische Minister in dem vorwiegend protestantischen Staat. Windthorst führte 1866 für das Königshaus Hannover die Abfindungsverhandlungen mit Preußen. Er hatte im Reichstag und im Preußischen Abgeordnetenhaus bis 1891 ein Mandat und vertrat bis zur Reichsgründung eine föderalistische großdeutsche Politik. Windthorst gehörte 1870 zu den Begründern der Zentrumspartei und war seit 1874 ihr Vorsitzender. Während des Kulturkampfes war er scharfer Widersacher Bismarcks. Windthorst hatte ein empfindliches Rechtsbewußtsein, sein besonderes rhetorisches Talent und parlamentarisches Geschick machten ihn zu einem der bedeutendsten Politiker der Bismarckzeit. Auch war Windthorst bemüht, den Einfluß des Katholizismus im politischen System des protestantisch geprägten Wilhelminischen Kaiserreiches zu stabilisieren.