Bereits im 13. Jahrhundert gegründet, gehörte das Dorf zunächst dem Templer-, ab 1312 dem Johanniterorden, bis es 1435 von den beiden Städten Berlin und Cölln erworben wurde. 1831 verkaufte die Doppelstadt ihre Rechte über das Dorf an die Familie von Scheel. Später wechselten die Besitzer. 1887 erhielt der Ort Straßenbahnanschluss, 1902 entstand das Gaswerk. 1920 wurde es Ortsteil des Berliner Verwaltungsbezirks Tempelhof. Seit der Bezirksfusion 2001 gehört Mariendorf zum Bezirk Tempelhof-Schöneberg.