Bugenhagen wurde nach seiner pommerschen Heimat auch Pomeranus genannt. Seit 1502 studierte er in Greifswald Theologie und klassische Literatur. 1509 erhielt er die Priesterweihe. 1523 war Bugenhagen Pfarrer an der Stadtkirche in Wittenberg, 1533 Doktor und 1535 Professor. Er war Freund und Beichtvater Luthers und Mitarbeiter an dessen Bibelübersetzung, die er auch ins Niederdeutsche übertrug. Bugenhagen hat Luther getraut und beerdigt. Er gilt als der Organisator der Reformation in Norddeutschland und Skandinavien, ordnete das Kirchen- und Schulwesen in Braunschweig (1528), Hamburg (1528/29), Lübeck (1530–1532), Pommern (1534/35), Dänemark (1537), Holstein (1542) und Hildesheim (1544). Berufungen zum Bischofsamt lehnte er dreimal ab. Neben seinen zahlreichen theologischen Schriften verfaßte Bugenhagen eine Geschichte Pommerns (Pomerania, 1518).