Er studierte Volkswirtschaft und Philosophie und war dann zunächst als Schriftsteller tätig. Im Jahre 1905 wurde er Mitarbeiter von Ferdinand Graf von Zeppelin. Als Vorsitzender der späteren "Zeppelin-Reederei" baute er mit Hilfe einer Volksspende das Luftschiff "Graf Zeppelin". Im Jahre 1924 überquerte Eckener mit einem Luftschiff den Atlantischen Ozean und landete in Nordamerika, 1929 unternahm er die erste Weltfahrt und 1931 die erste Fahrt mit dem Luftschiff zum Nordpol. Er landete auch einige Male in Staaken auf dem dortigen Flugplatz. 1949 wurde die Autobiographie von Eckener "Im Zeppelin über Länder und Meere" veröffentlicht.