Er war von 1822 bis 1825 Direktor der Sternwarte bei Gotha, von 1825 bis zu seinem Tode Direktor der Sternwarte in Berlin und Astronom der Preußischen Akademie der Wissenschaften. 1844 wurde er als Professor an die Berliner Universität berufen. Er berechnete die Bahn des nach ihm benannten Enckeschen Kometen, lieferte außerdem Beiträge zur astronomischen Störungstheorie und zahlreiche Bahnberechnungen von Planetoiden und Kometen. Encke war Herausgeber der Berliner Akademischen Sternkarten. Sein Grab befindet sich auf dem II. Kirchhof der Evangelischen Jerusalems- und Neuen Kirche in der Baruther Straße. - Der neue Platz an der 1835 durch Schinkel erbauten Sternwarte ist später nach Encke benannt worden. Die Sternwarte selbst mußte wegen zunehmender Bebauung nach Potsdam verlegt werden.