Harnisch studierte evangelische Theologie und wirkte seit 1809 mit Friesen und Jahn an der Plamannschen Anstalt in Berlin, der Pflanzstätte Pestalozzischer Pädagogik. Ab 1812 war er Dirigent und erster Lehrer am Seminar in Breslau, ab 1822 Seminardirektor in Weißenfels. Stärker als Pestalozzi und Diesterweg betonte Harnisch die christliche Erziehung. 1861 trat er in den Ruhestand. Harnisch erwarb sich große Verdienste um die Verbesserung der Volksschulpädagogik. Seine Ansichten legte er in vielen Schriften nieder, u. a. in "Deutsche Volksschule" (1812), "Handbuch für das deutsche Volksschulwesen" (1820), "Der Volksschullehrer" (1824-1828).