Er leitete 1890-1892 das Preußische Historische Institut in Rom, gründete und editierte 1889-1895 die "Deutsche Zeitschrift für Geschichtswissenschaft" und organisierte die ersten deutschen Historikertage (1893-1895). Er war ein scharfer Kritiker Kaiser Wilhelms II. Seine Schrift "Caligula. Eine Studie über römischen Cäsarenwahnsinn" beendete 1894 seine wissenschaftliche Karriere. Von 1893 bis 1918 bemühte er sich als radikaler Demokrat in der Deutschen Volkspartei um eine Allianz zwischen bürgerlichen Demokraten und Sozialdemokraten. Zu Beginn der Weimarer Republik beteiligte er sich als Vertreter der Deutschen Demokratischen Partei an der Gestaltung der Weimarer Verfassung. Bereits vor 1900 setzte sich Quidde für Abrüstung ein und war 1914-1929 Vorsitzender der "Deutschen Friedensgesellschaft". 1927 erhielt er mit F. E. Buisson für sein Engagement bei der Schaffung des Völkerbundes den Friedensnobelpreis. 1933 emigrierte Quidde in die Schweiz.