Mommsen war der Sohn eines Pfarrers. Er studierte Jura und erhielt 1849 in Leipzig seinen ersten Lehrstuhl. Als aktiver Teilnehmer an der Revolution von 1848 und aufgrund seiner liberalen politischen Einstellung verlor er diesen jedoch wieder. 1852 emigrierte er in die Schweiz, wo er Professor in Zürich wurde. Nach mehrjähriger Lehrtätigkeit in Breslau wurde Mommsen 1858 als Professor für Alte Geschichte an die Berliner Universität berufen und im selben Jahr ordentliches Mitglied der Preußischen Akademie, von 1874 bis 1895 deren Sekretär. Dem Preußischen Abgeordnetenhaus gehörte er von 1863 bis 1866 an, dem Reichstag von 1881 bis 1884. Mommsen war als Liberaler mit seinem Ideal von Freiheit und Einheit ein Gegner des politischen und sozialen Systems Bismarcks. Im „Berliner Antisemitismusstreit“ war er ein erbitterter Gegner Treitschkes und entschiedener Verfechter der Toleranz. 1902 erhielt Mommsen den Nobelpreis für Literatur. Werke: „Römische Geschichte“ Band I–III (1854/55), „Römisches Staatsrecht“ (3 Bd. 1871–1888), „Römisches Strafrecht“ (1889). Er erhielt ein Ehrengrab auf dem Dreifaltigkeitsfriedhof Kreuzberg, Bergmannstraße.