Musäus wurde bei seinem Paten und Oheim in Allstedt bei Weimar erzogen. Er besuchte das Gymnasium in Eisenach und studierte anschließend Theologie in Jena sowie Philologie und wurde 1763 Pagenhofmeister in Weimar. 1769 wurde er Gymnasialprofessor in Weimar. Seine Gönnerin, Herzogin Anna Amalia, unterstützte ihn und verschaffte ihm Zugang zu literarischen Kreisen. Musäus schrieb mehrere satirische Romane wie "Grandison der Zweite" und "Physiognomische Reisen". Bekannt sind seine rationalistisch-ironischen, im Geiste der Aufklärung bearbeiteten "Volksmärchen der Deutschen" (5 Bände, 1782-1786). Musäus war als aufklärerisch engagierter Literaturkritiker Mitarbeiter der "Allgemeinen Deutschen Bibliothek", die Friedrich Nikolai in Berlin herausgab.