Pfleiderer studierte von 1857 bis 1861 in Tübingen. Er unternahm Reisen nach England und Schottland und wurde Stiftsrepetent in Tübingen, wo er sich 1865 habilitierte. 1870 Superintendent in Jena, 1871 dort Professor für praktische Theologie, wurde er 1875 als Professor für systematische Theologie nach Berlin berufen. Pfleiderer war ein bedeutender Vertreter der liberalen Theologie und bemüht, die Verbindung von Philosophie und Religion herzustellen. Er lebte in Lichterfelde und wurde auf dem Landeseigenen Friedhof in Lichterfelde-Ost, Langestraße, beigesetzt. Seine Hauptwerke sind: "Die Religion. Ihr Wesen und ihre Geschichte", 2 Bände (1869); "Der Paulinismus. Ein Beitrag zur Geschichte der urchristlichen Theorie" (1873); "Religionsphilosophie auf geschichtlicher Grundlage" (1878); "Grundriß der christlichen Glaubens- und Sittenlehre" (1880); "Das Urchristentum" (1887).