Scharnhorst entstammte einer niedersächsischen Bauernfamilie. Er besuchte ab 1772 die Kriegsschule in Schaumburg-Lippe und trat als Fähnrich 1778 in hannoversche Dienste. 1779 wirkte Scharnhorst als Lehrer an der Regimentsschule Northeim und ab 1782 an der Artillerieschule in Hannover. Aktiv nahm Scharnhorst 1793/94 am Krieg gegen Frankreich teil. 1801 trat er in preußische Dienste. Hier wurde er Lehrer und Direktor der Akademie für junge Offiziere in Berlin. 1802 wurde er geadelt. 1803 in den Generalstab berufen, wurde er 1807 Generalmajor und Vorsitzender der Militär-Reorganisationskommission sowie Vortragender Generaladjutant König Friedrich Wilhelms III. Er gehörte zu den Schöpfern einer modernen preußischen Armee und der allgemeinen Wehrpflicht und gilt als der bedeutendste preußische Militär im Kampf gegen Napoleon. 1808 übernahm er die Leitung des Kriegsdepartements und 1810 die der Allgemeinen Kriegsschule in Berlin. Ab 1813 Generalleutnant, leitete er die Vorbereitung zu den Befreiungskriegen. Als Generalstabschef Blüchers in der Schlacht bei Großgörschen (2.5.1813) verwundet, starb er kurz darauf. Er erhielt ein Ehrengrab auf dem Invalidenfriedhof.