Von 1863 bis 1866 unternahm er seine erste Reise nach Ägypten und dem Ostsudan. In Berlin war er Kustos am Botanischen Museum und Mitglied der Preußischen Akademie der Wissenschaften. In deren Auftrag erforschte Schweinfurth 1869-1871 das Gebiet des oberen Nils. Auf dieser Expedition konnte er das Quellgebiet des Stroms nach Südwesten abgrenzen. Er brachte die erste Kunde von den Pygmäen nach Europa und schrieb u. a. wissenschaftliche Artikel und Fachbücher wie z. B. "Beitrag zur Flora Äthiopiens" (1867) und "Im Herzen von Afrika" (2 Bände, 1874). Er ist im Botanischen Garten in Dahlem beigesetzt.