Sie hat ihren Namen mit Bezug auf die Sebastiankirche erhalten. Diese wurde in den Jahren 1694/95 mit geschenkten Materialien in Fachwerk erbaut und im Juli 1695 als erste Kirche der Köpenicker Vorstadt geweiht. Der Name der Kirche ging auf den des Ratsmannes und Kirchenvorstehers Sebastian Nethe zurück, durch dessen Unterstützung, er schenkte und sammelte Baumaterial, diese errichtet werden konnte. Die Kirche war in Form eines Kreuzes angelegt, nur aus Fachwerk erbaut und mit einem viereckigen Turm versehen. Da sie durch Überschwemmung stark zerstört war, wurde sie 1751–1753 neu errichtet, wofür König Friedrich II. die Mittel zur Verfügung stellte. Am 16.7.1837 wurde die Kirche in Luisenstadtkirche umbenannt. Im Zweiten Weltkrieg wurde sie zerstört. Die Reste wurden 1964 abgetragen.