Er begann an der Friedrich-Wilhelms-Universität in Berlin neuere Sprachen und Germanistik zu studieren und wechselte danach an die Universität Marburg. Zu Beginn des Deutsch-Französischen Krieges 1870/71 meldete er sich freiwillig zum Militär und kehrte 1871 an die Berliner Universität zurück, wo er sich auch den romanischen Sprachen zuwandte. Von September 1872 bis November 1873 verdiente er sich in Paris als Hauslehrer und Journalist seinen Lebensunterhalt. Am 9.1.1875 promovierte Waetzold an der Hallenser Universität und wurde bald darauf Erzieher des Prinzen Georg Ludwig von Oldenburg auf Schloß Schaumburg. 1878 begann er in Hamburg als Oberlehrer. 1886 berief ihn die Elisabethschule in Berlin zu ihrem Direktor. Er war Dozent an der Kriegsakademie und Mitherausgeber von "Herrigs Archiv". Die Berliner Universität berief ihn zum außerordentlichen Professor für französische Sprache. 1893 war Waetzoldt deutscher Kommissar für die Weltausstellung in Chicago. 1894 wurde er Regierungs- und Schulrat in Magdeburg und 1897 Provinzialschulrat in Breslau. 1899 wurde er zum Geheimen Regierungsrat befördert und bekleidete die Position eines Vortragenden Rates im Preußischen Ministerium der geistlichen Unterrichts- und Medizinalangelegenheiten. 1902 wurde er Oberregierungsrat, und ihm wurden das Dezernat für die höheren Mädchenschulen, später auch das Taubstummen- und Blindenschulwesen übertragen. Waetzoldt war Mitherausgeber des "Archivs für das Studium der neueren Sprachen und Literatur" und veröffentlichte eine Vielzahl von Beiträgen auf literarischem und literaturhistorischem Gebiet.