Warneck war zunächst Reiseprediger bei der Rheinischen Missionsgesellschaft und kurzzeitig im Pfarrdienst tätig. 1896 wurde er Professor für Missionswissenschaft an der Universität in Halle. Seit 1874 gab er die "Allgemeine Missions-Zeitschrift" heraus. Er gilt als Begründer der systematischen evangelischen Missionswissenschaft und verfaßte darüber zahlreiche Werke, u. a. "Die gegenseitigen Beziehungen zwischen der modernen Mission und Kultur" (1879) und "Abriß einer Geschichte der protestantischen Missionen von der Reformation bis auf die Gegenwart" (1882).