Er trat am 14.6.1825 in den preußischen Heeresdienst ein. Nach dem Besuch der Allgemeinen Kriegsschule wurde er Lehrer beim Kadettenkorps. 1842/43 kämpfte Werder als Premierleutnant auf russischer Seite. Am 17.3.1846 wurde er zum Hauptmann im Generalsstab befördert. Im Mai 1858 erhielt von Werder das Kommando über das Füsilierbataillon des 2. Garderegiments zu Fuß in Berlin. 1863 wurde er Generalmajor. Im Deutsch-Französischen Krieg 1870/71 leitete er als Chef des in Spandau stationierten Garde-Festungs-Artillerie-Regiments die Belagerung der Festung Straßburg und zwang sie am 27.9.1870 zur Kapitulation. Vom 15. bis 17.1.1871 kämpfte seine Armee in der Schlacht an der Lisaine gegen die französische Ostarmee. Von 1871 bis 1879 war Werder Kommandierender General des XIV. Armeekorps. Bei seinem Abschied verlieh ihm der Kaiser wegen seiner militärischen Verdienste den erblichen Grafentitel.