Rother war Sohn eines Bauern. Zunächst Privatschreiber in einem Regiment, erhielt er 1797 eine Anstellung im Polizeidienst, 1806 wurde er Kalkulator beim Kriegs- und Domänenbüro im Herzogtum Warschau. 1810 wurde er Rechnungsrat unter dem Freiherrn von Hardenberg. Im Jahr 1814 war Rother als Sonderkommissar für Preußen bei der Verteilung der französischen Kontributionen eigesetzt. Ab 1820 leitete er die Preußische Seehandlung, aus der 1846 die Preußische Bank und 1876 die Reichsbank hervorgingen. 1831 wurde Rother Direktor der Königlichen Bank, bald darauf auch Präsident der Staatsschuldenverwaltung und 1836 Geheimer Staatsminister. Er leitete bis 1848 das gesamte preußische Finanzwesen, gründete Fabriken und Vereine u. a. zur Erziehung verwahrloster Kinder. Rother wurde am 14.10.1847 der 27. Ehrenbürger von Berlin. Im März 1848 schied er aus dem Staatsdienst aus und zog sich auf sein Gut Rogau zurück.