Wartenberg hat seinen Ursprung in einer Ansiedlung aus dem 13. Jahrhundert. 1270 wurde ein Bernhardus de Wartenberge erwähnt. Das Angerdorf ist 1375 erstmals als Dorf mit 52 Hufen genannt worden. Damals besaßen mehrere Berliner und Cöllner Bürgerfamilien die grundherrschaftlichen Rechte, darunter die Familien Blankenfelde und Boytin. Ab Mitte des 15. Jahrhunderts ging der Besitz an die Familien von Waldorf, von Röbel u. a. und 1792 an den brandenburgischen Provinzialminister von Voß über. 1451 kam das Dorf unter die Verwaltung des Landesherrn. 1882 kaufte die Stadt Berlin das Rittergut und nutzte es zur Anlage von Rieselfeldern. 1920 wurde Wartenberg nach Berlin eingemeindet und Teil des Bezirks Weißensee. Es hatte zu dieser Zeit noch den Charakter eines kleinen Guts- und Bauerndorfes ohne Ansätze zu einem städtischen Vorort. Von den einstigen Herrensitzen blieb nichts erhalten. Das Dorfbild wird aber durch einige große bäuerliche Wohnhäuser aus dem letzten Drittel des 19. Jahrhunderts bestimmt. 1985 kam Wartenberg zum neugebildeten Verwaltungsbezirk Hohenschönhausen. Seit der Bezirksfusion 2001 gehört es zum Bezirk Lichtenberg, der aus den alten Verwaltungsbezirken Lichtenberg und Hohenschönhausen gebildet wurde.